内蒙古自治区境内共有大小河流千余条,祖国的第二大河--黄河,由宁夏石咀山附近进入内蒙古，由南向北，围绕鄂尔多斯高原，形成一个马蹄形。流域面积在1000平方公里以上的河流有107条;流域面积大于300平方公里的有258条。有近千个大小湖泊。全区地表水资源为406.60亿立方米，与地表水不重复的地下水资源为139.35亿立方米，水资源总量为545.95亿立方米，占全国水资源总量的1.92%。另外黄河分水58.6亿立方米，黑河分水8亿立方米。全区多年平均水资源可利用量285亿立方米，其中地表水170亿立方米，地下水115亿立方米。年人均占有水量2200立方米，耕地每公顷平均占有水量0.76万立方米，平均产水模数为4.61万立方米/平方公里。内蒙古水资源在地区、时程的分布上很不均匀，且与人口和耕地分布不相适应。东部地区黑龙江流域土地面积占全区的27%，耕地面积占全区的20%，人口占全区的18%，而水资源总量占全区的67%，人均占有水资源量为全区均值的3.6倍。中西部地区的西辽河、海滦河、黄河 3个流域总面积占全区的26%，耕地占全区的30%，人口占全区的66%，但水资源仅占全区24%，大部分地区水资源紧缺。

　　地表水 内蒙古自治区多年平均地表年水资源量约406.6亿立方米。由于河川径流受大气降水及下垫面因素的影响，年径流量地区分布不均，水资源也不平衡，局部地区水量富而有余，而大部分地区干旱缺水。同时，河川径流年内分布不均，年际间变化比较大。年降水集中在6～9月，汛期径流量占全区径流量的60～80% 。历年间径流量大小不匀，相差很大。年径流量最大与最小的比值，东部林区各河流为4～12;中部各河流为6～22;西部地区各河流高达26以上。

　　地下水 内蒙古自治区地下水平均资源量为236亿立方米。与地表水的重复是97亿立方米。自治区地下水资源的分布受大气降水、下垫面条件和人类活动的影响，具有平原多、山丘区少和内陆河流域更少的特点。自治区平原区扣除与山丘区地下水资源量间的重复计算后的地下水资源模数，一般在5.9～6.5万立方米/平方公里，为山丘区地下水平均水资源模数的2.2～2.7倍。内陆河流域地下水资源模数为1.1万立方米/平方公里，因而地下水资源十分贫乏，只是在内陆闭合盆地的平原或沟谷洼地，地下水才比较富集。全区按自然条件和水系的不同，分为：大兴安岭西麓黑龙江水系地区;呼伦贝尔高平原内陆水系地区;大兴安岭东麓山地丘陵嫩江水系地区;西辽河平原辽河水系地区;阴山北麓内蒙古高平原内陆水系地区;阴山山地、海河、滦河水系地区;阴山南麓河套平原黄河水系地区;鄂尔多斯高平原水系地区;西部荒漠内陆水系地区。